在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

论述结局

1、从光敏培養人体细胞中导出DNA化学交联蛋白酶质

为了更好地破乳光化学化学化学交连蛋清质-DNA挽回物适用LC-MS分享，写作者建设了一大种性质发生变化纯化方案设计，可从DNA中去要不是化学化学化学交连蛋清质，仅在光照时按照直观DNA组碰到生物富集DNA化学化学化学交连蛋清质。用TRIZOL提现染色的质并我们要除执行死刑获的非化学化学化学交连蛋清，再将其完后溶解性以实行RNase转化酶。按照mri切面偶然所得蛋清质化学化学化学交连DNA的提现物，在硫氰酸胍中烧开，然性质发生变化，并在二钝化硅离心分离柱上剧烈地洗洁以去要不是化学化学化学交连蛋清质随后进行。按照核酸酶加工处理从DNA中释放出光化学化学化学交连蛋清，并实行胰蛋清酶转化酶适用LC-MS分享。该工艺命名为为蛋清质化学化学化学交连DNA提现或XDNAX。

图1.蛋清质化学交联DNA提现或XDNAX程序图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可进行相处DNA的蛋清质图谱

将光交连策略选用于MCF7机构，察觉了1,805种待选蛋清，表中1,191种具备于3个或越多次相似中。60%的DNA彼此之间做用组带异核酸紧密结合起来的GO批注，在较弱核酸紧密结合起来批注的蛋清质中，很大的功绩发源核纤层蛋清，接下来是进入染料质机构和机构裂开的蛋清质（图2）。

图2 . 可一直了解 DNA 的核高蛋白（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总的了DNA上下级反应组所抽象性的血清质-DNA介面下列关于蕴含的核苷酸热塑肽。这属于伴随（1）球状DNA紧密联系起来机构域、（2）DNA 紧密联系起来无章区（IDR）和（3）伴随与另一个血清质（举个例子组血清紧密联系起来血清）、RNA（举个例子剪接指数）或相分割区室（举个例子核仁血清）上下级反应而以至于的环镜相近。

图3 . 可随时交往 DNA的结构类型域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、参考值受损细胞扰动期间里与DNA结合在一起的转录因素

雌雌性肾上腺素肾上腺素受体α（ESR1）驻落在胞质溶胶中，一直到会碰到其配体，闪避易位到神经元核，在哪点它与DNA组中的独特部位相结合以激活码独特的转录系统软件。将血清饥饿的MCF7神经元爆漏于高分子量雌雌性肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模拟训练除理的更神经元更什么和什么的DNA彼此之间用途组（图4A）。当中，雌雌性肾上腺素的刺激后DNA彼此之间用途组中的ESR1加入了30倍（图4B）。总的的说，在1,814个参考值的淀粉酶质-DNA彼此之间用途中，约有9%提示出超出2倍的可观转变，并观查到与ESR1兼备彼此之间用途的淀粉酶如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌荷尔蒙整理甲状腺肿瘤细胞系 DNA 相互之间功能组的定量分析较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

研发开始表观遗传组的球核胆固醇含量以认识它是怎样被获取并付诸实践经验的，始终是教育科研人士一款持久的执着。表观遗传组可及性主要的以DNA为中心点的想法来进行研发，只不过，到当下到止，染色法质疑胶中的的球核胆固醇含量与DNA 发生电磁学彼此之间的影响尚不了解。安全使用零距離光交连，可显示DNA彼此之间的影响组中的几乎数球核胆固醇含量，XDNAX技术设备将看作球核胆固醇含量-DNA彼此之间的影响研发的强 软件工具。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的核苷酸质组学、装饰组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

考生论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.